启动及停车程序和保护，对于APU启动,停车和正常工作所必需的开关、警告灯和指示仪表在驾驶舱的控制面板上以及主轮舱APU地面控制面板上。

通常只采用驾驶舱控制面板启动APU,但APU停车从这两个面板均可完成。波音飞机是一个主电门有几个位置;空客飞机有主电门和启动电门。

启动时可用机上电瓶或地面直流电源,将APU主电门从0FF位移到START位再回到0N位,APU按预定程序到达稳定工作转速。停车时将驾驶舱APU主电门移到0FF位即可完成。

APU停车亦可从APU地面控制面板进行,同时,发生着火时,也可从APU地面控制面板操作灭火。

任何类型的APU启动程序都是完全相似的,并且都是通过飞机驾驶舱内APU控制面板上的主控电门开始的。当电门置于启动位,进气门打开,启动机带转发动机到燃油和点火系统能够投入工作的转速,开始点火和点燃后发动机开始加速到稳态工作转速。

APU停车可有3种不同方法:正常停车是手动使主电门移到0FF位进行的;自动停车是APU控制组件因重要部件故障作动的;应急停车是由灭火手柄或各用紧急停车开关作动的。

监视加速有两个理由,使APU启动程序最佳和保护APU不被损坏。

在约10%转速,燃油供给和点火接通;约50%转速启动机马达断开,有些APU点火也断开;约95%转速所有正常工作的控制和保护电路准备.APU现在准各供电供气。

正常工作期间,转速受很多因素影响,如引气负荷,电负荷,进气温度和进气压力。负荷增大使APU转子转速下降,保持恒速就需要加油,结果是排气温度增高。进气温度信号用于防止超温,进气压力信号用于随空气密度改变最佳化燃油计量。