校准数字频率计通常通过标准参考频率源来进行。AT7910EKB-E频率计测量标准参考频率源的频率，然后校正其读数，使之与参考源标称频率数值尽量接近。大多数频率计的基准单元上都有一个调节孔，标有“adj”或“Cal”字样，这就是用来校准频率计的频率的，也有一些数字化控制程度高的频率计是通过软件菜单来进行校准操作的。此外，有的频率计提供了基准频率输出功能，通过此功能，可以利用另外一台频率计直接测量其基准频率，这提供了确认精度和校准的另外一个途径，频率计的基准准确度高了，那么频率计整体测量的准确度也就有了保障。

           
    在业余条件下，如何获得相对可靠的参考频率源呢？常规方式是使用高稳定度晶体振荡器。通常TCXO温度补偿晶体振荡器、Ocxo恒温晶体振荡器、铷原子振荡器、铯原子振荡器的频率稳定度依次提升。
    一般低端的频率计，理论上用ocxo振荡器校准已经足以，用铷原子振荡器可谓杀鸡用牛刀。全新的高品质ocx。价格不菲，甚至会远超过一台中档频率计的价格，好在近年来在二手市场上出现很多拆机的二手ocxo和铷原子振荡器，使仪器爱好者有机会以低廉的价格获得高稳定度置，不容易被误动，而且可供调节的范围很小，二手市场上便宜的二手铷原子振荡器大约在三四百元。笔者比较推荐的是一种结合GPS科技的频标模块，其结构是以高等级TCXO或ocxo为基础，结合GPS，实现频率输出的高度准确性。其优点是通过GPS不断实时校准频率，确保输出频率的准确度，在业余条件下，不通过计量也能获得相对有保障的频率准确度。其典型产品有美国惠普的HP58540A。HP5854QA时间频率参考接收机内置TCX。振荡器（部分产品内置ocx。振荡器），输出10MHz频率，并可通过GPS信号自动修正输出频率，具有很高的稳定度和准确度。