用单片机对FPGA进行配置，具有配置时间短，准确率高，易于实现，保密性能好，升级方便等优点。在早期FPGA使用中，专用配置存储器价格昂贵，而通用Flash存储器又难以解决配置时序的问题，多采用单片机进行配置。目前，该方法仍广泛地应用于不同领域，尤其是在不适合使用PC的工业环境下，采用单片机实现配置和升级是个不错的选择。另外，单片机还具有强大的程序控制能力，可以重复调用子程序，处理一些繁多的速度较慢的事务，可以充分发挥单片机的优势，而不占用过多的FPGA资源，而用FPGA处理速度较快的事务，可以相得益彰，适合于一些低端的价格便宜的产品。因此，FPGA最小系统也可以选用这种配置环境，但是电路会略微复杂，占用电路板面积增大。
    用单片机配置FPGA，关键在于产生合适的时序。图6.11所示是单片机与FPGA及PC通信的一个参考电路，FPGA的配置引脚可以参考6.2.4节的从串从并配置模式。
    图中单片机可以选用常用的MCS51系列、MCS96系列、AVR系列等。图中的单片机可以外接EPROM或Flash ROM，配置的数据就放在EPROM或Flash ROM器件内，单片机在这里只起产生配置时序的作用。出于设计保密，减少芯片的使用数考虑，在配置的数据容量不太大的情况下，也可以把配置数据置于单片机的程序存储区内。  AT24C02PC27
    如果在图中的单片机ROM内按不同地址放置多个针对不同功能要求设计好的FPGA的配置文件，然后由单片机接收不同的命令，选择不同的地址控制，从而使不同的配置文件下载到FPGA中，就构成了所谓的“多任务可重配置”技术。这种设计方式可以极大地提高电路系统的灵活性。同一电路系统在没有发生任何结构上的改变时，通过不同的命令信号，将系统内部不同的配置信息加载于FPGA中，电路系统的功能将发生改变，从而使单一电路系统具备多种功能。