均匀性是指在整个芯片视场内测量的一致性。它和激发光的均匀性、探测器的均匀性、GRM31MR71E225KA93L样品的时间性都有着直接的关系。如果均匀性控制不好，会影响到结果的真伪。激光共聚焦扫描仪的特点限制了成像的焦深，通常只有几微米，要保持整个芯片的探测均匀性，就意味着给扫描运动的平整度和样片的平整度提出了严格的要求，这就大大增加了仪器的加工难度和成本，放大针孔．力口大了焦深，但同时也牺牲了均匀性，增加了噪声；另外，长时间的逐点扫描，对有些不稳定荧光染料，使得前后点的时间差异大而引起探测信号的衰减，也是一个影响均匀性的原因。CCD检测仪的探测均匀性与激发光源、CCD探测器的均匀性有关，目前国外的CCD检测仪对激发光源的照明均匀性只做了一般处理，照明均匀性只能达到士15%左右，通过定期对标准样片进行测定，测出整个照明视场的不均匀性，在每次芯片检测中通过校正软件对信号进行修正，这种方法不是实时校正，并且激发光能对发射荧光的激发作用也存在非线性的影响，因此这种方法也有很大的局限性。

   激光共聚焦扫描仪每个像素的曝光时间比CCD检测仪的还短，但激光照明每单位时间星有很多高尖峰，这些尖峰毛刺足以造成样片光脱色，不仅降低了芯片的再成像能力，而且也降低了图像获取中的图像数据更新。每个荧光探测器的非线性光脱色都会降低计算比的完整性。相反，CCD检测仪在照明期间具有较低的光通密度，这就大大降低了光脱色的危险。